В процессе эволюции сформировалось специфическое содружество человека с определенными группами микроорганизмов, которое преобразовалось в единую микроэкологическую систему. Роль этой системы в поддержании здоровья человека сегодня неоспорима. Совокупность микроорганизмов интимной сферы у женщин в норме состоит из постоянно обитающих и транзиторных, или преходящих микроорганизмов .

Постоянная микрофлора представлена в основном родом Lactobacillus spp. (сгруппированных под термином «палочка Додерляйна»), которая составляет 95-98% от всего микробиологического пула. Микрофлора Додерляйна использует в качестве источника питательных веществ вагинальный гликоген, который с помощью ферментов она превращает в молочную кислоту. Молочная кислота способствует стабильному сдвигу рН вагинальной среды в кислую сторону до 3,8-4,2, что создает неблагоприятные условия для роста и размножения патогенной микрофлоры.